La Capilla de San Sebastián perteneciente al antiguo Hospital de San Sebastián, es una capilla de estilo gótico-flamígero rica en decoración plateresca y obra de Hernán Ruiz I, quien también realizó la fachada en 1514. Sus muros son de piedra y columnas de ladrillo con arcos peraltados en planta baja y rebajados en planta alta. La organización del mismo se realiza en torno a los patios.
La capilla del antiguo hospital alberga una planta rectangular y está dividida entre el oratorio y el presbiterio. La cubierta está realizada en nervadura gótica y descansa sobre un conjunto de arcos. El retablo fue obra de Teodosio Sánchez de Rueda en 1725. La fachada más relevante del exterior de estilo gótico flamígero da al interior de la iglesia y alberga una decoración plateresca, esencialmente vegetal y zoomorfa. En su tímpano se encuentran las figuras religiosas de San Pablo, San Pedro y San Sebastián