Manuel de Villaceballos Sisternes pertenecía a uno de los linajes más antiguos de la ciudad. Según el Censo electoral de 1866, todavía habitaba en Córdoba un descendiente de la familia Villaceballos, propietario que vivía en la calle Villaceballos, número 6. Pagó al erario público 27,716 escudos.
Hijo de Rafael Pedro Villaceballos, diputado a Cortes en las Elecciones Generales de 1836.