Juan Alfonso de Sousa y Fernández de Córdoba fue un noble andaluz. Caballero Veinticuatro de Córdoba, era Señor de Aldea del Río (Castro del Río) y Caballero de la Orden de Alcántara.
Casado con Ana María Íñiguez de Carcoma y Eraso, fueron padres de Ana María Alfonso de Sousa y Carcoma, segunda esposa Andrés Fernández de Mesa y Cabrera de los Ríos, I marqués de Villaseca.